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      由于有機肥給土壤帶來了大量的有機質、養分及微生物，改善了土壤的物理性質及生物化學性質，尤其是有機肥給土壤增加的大量微生物群，對提高土壤肥力及增強植物抗病性有非常顯著的作用。

有機肥主要通過三種途徑減輕作物病害：

一是肥料中的功能性微生物生長繁殖，在作物根際土壤微生態系統內形成優勢種群，抑制其它有害微生物的生長繁殖，甚至對部分有害病原菌產生拮抗作用，減少了有害微生物的危害機會。尤其是一些拮抗菌和腐生菌數量的增加能夠有效的抑制病原菌，起到預防土壤病蟲害的效果。

二是功能性微生物在生長繁殖過程中向作物根際土壤微生態系統內分泌各種代謝產物，這些代謝產物能夠刺激作物生長，提高作物抵抗不良環境的能力。

三是有機肥營養元素全面，含有豐富的有機質、氮磷鉀及微量元素，使作物植株生長健壯，具有良好的株型和合理的群體，增強作物的抗病性，減少病害的發生。

       當植物已經受到病蟲害侵染時，通過施用有機肥料，可以增強土壤中微生物的活性，使其中的大量有益菌與病原菌之間展開激烈的營養競爭，而且有機肥料中會增加大量有益菌的種群數量，這樣一來就使得有益菌在與病原菌之間的斗爭中能夠占得有利地位，而且微生物還有助于土壤中難溶性磷鉀和微量元素的轉化和釋放，從而能夠有效抑制病原菌孢子的萌發，也就減輕了土壤病蟲害傳播的進一步發生。

       有些研究認為，有機肥的浸提液能夠產生抑菌作用，主要機理是其中含有某些特定微生物產生的抗生素物質，可以破壞病原菌菌絲細胞、厚垣孢子、卵孢子、孢子囊以及游動孢子。有機肥料中的大量有益微生物能夠在病原菌菌絲上寄生，使病原菌的細胞破裂以致死亡，能夠很好的抑制土壤病原菌的繁殖。