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    “ 發酵”可分為“微生物生理學定義的發酵”和“工業發酵”，詞條“發酵工程”中的“發酵” 應該是指“工業發酵”。工業生產是通過“工業發酵”來加工或制作產品，其對應的加工或制 作工藝被稱為“發酵工藝”。為實現工業化生產，就必須解決發酵工藝的工業生產環境、設備 和過程控制的工程學問題，因此，就有了“發酵工程”。

 

      發酵工程是解決按發酵工藝進行工業化生產的工程學問題的學科。發酵工程從工程學 的角度把實現發酵工藝的發酵工業過程分為菌種、發酵和提煉(包括廢水處理)等三個階段， 這三個階段都有各自的工程學問題，一般分別把它們稱為發酵工程的上游、中游和下游 工程。